El 27 de marzo de 1995, cansados del manoseo y de la permanente injusticia, las organizaciones matrices de campesinos, colonizadores e indígenas fundaron la Asamblea por la Soberanía de los Pueblos (ASP) y el Instrumento Político por la Soberanía de los Pueblos (IPSP), no solo para tomar el poder local, sino con el objetivo de tomar el poder nacional.

Evo Diputado

La negativa de la Corte Nacional Electoral y la clase política para otorgarles una sigla y personería jurídica propia hice buscar a los del ASP-IPSP una solución al impasse: pactaron su participación electoral en las listas de la Izquierda Unida (IU), una coalición de partidos izquierdistas que capitaneaba el Partido Comunista de Bolivia (PCB). En la primera prueba electoral, las municipales del 3 de diciembre de 1995, la IU conquistó 10 alcaldías y 49 concejalías, todas en el departamento de Cochabamba.

En las elecciones generales del 1 de junio de 1997, la IU metió cuatro diputados en la Cámara del Congreso, de 130 miembros. Morales, marcando el primer hito de su flamante carrera política, fue uno de los candidatos de la IU que obtuvo el escaño, por la circunscripción que representaba a las provincias de Chapare y Carrasco, y lo hizo con un abrumador 70% de los sufragios, la mayor cuota obtenida por cualquiera de los 68 candidatos elegidos por el sistema de mayoría simple en distritos uninominales.
"En 1997, aunque era muy difícil de creer, resulte ser el diputado que mas votos obtuvo en Bolivia. ¡..Al fin era diputado..! Un sueno largamente perseguido pero, al mismo tiempo, un compromiso social y político de mayor responsabilidad."

Puesto que quería participar en las elecciones locales del 5 de diciembre de 1999, Morales se puso de acuerdo con el jefe del MAS-U, David Añez Pedraza -un potentado empresarial y antiguo militar que en el pasado se había distinguido por su oposición visceral a los movimientos indígenas, luego este arreglo tenía mucho de paradójico-, para que el IPSP tomara en lo sucesivo la sigla masista. Sellado el acuerdo, el IPSP-MAS inició su andadura en enero de 1999, con Morales de presidente. Como agradecimiento por esta absorción con adquisición del nombre y los colores del MAS-U, un partido moribundo, Añez fue hecho "presidente vitalicio", con carácter honorífico, del IPSP-MAS, pronto llamado simplemente Movimiento Al Socialismo (MAS).

En las municipales de diciembre de 1999, el MAS, con el 3,2% de los votos en todo el Estado, a la zaga de ocho partidos, quedó confirmado, por el momento, como una formación pequeña de dimensión sólo regional, con arraigo limitado a Cochabamba y La Paz (en especial en la región de los Yungas, ampliamente cocalera), que aportaron 58 de los 79 concejales ganados en nueve departamentos.

Mientras Evo fortalecía su base política, el gobierno de ADN liderado por Banzer y después por Quiroga, incentivo su campaña de erradicación previsto en el Plan Dignidad, iniciado en abril de 1988 bajo supervisión de EE.UU. Este plan instituya un verdadero estado de sitio en el Chapare, en un claro proceso de militarización de la región. Cientos de efectivos policiales y militares invadieron violentamente las tierras del Chapare, cometiendo un sinnúmero de abusos y asesinatos que atentaron contra los más elementales derechos y libertades individuales.

Desde su escaño en la Cámara de Diputados, Morales denunció la "militarización" del conflicto y la "masacre" perpetrada en Chapare. Más todavía, invocó el derecho de sus paisanos a resistir "militarmente" a las tropas que protegían la erradicación de los cocales y que no vacilaban en descargar sus armas de fuego contra los manifestantes, lo que le valió ser severamente advertido por el oficialismo de que se jugaba el desafuero parlamentario.

La amenaza se materializó el 24 de enero de 2002. Con la aquiescencia tácita del entonces presidente adenista, Jorge Fernando Quiroga Ramírez, una mayoría formada por 104 diputados de la ADN, el MNR el MIR, la Unión Cívica Solidaridad (UCS) y la Nueva Fuerza Republicana (NFR) aprobó despojar de su escaño al líder del MAS.
La Comisión de Ética de la Cámara halló indicios del incurrimiento por el diputado aymara en "faltas graves en el ejercicio de sus funciones" y, en un tiempo récord, le desaforó.

Morales, lejos de ser acallado o neutralizado políticamente, adquirió una aureola de representante popular injustamente perseguido y vio crecer su popularidad como la espuma. El 5 de marzo de 2002, después de interponer un recurso contra la resolución legislativa ante el Tribunal Constitucional por vulneración de sus derechos a la presunción de inocencia, la defensa y la inviolabilidad parlamentaria, y de resignar al frente de la Confederación de Productores de Coca de Cochabamba, Morales fue avalado por los delegados de las Seis Federaciones del Trópico como el candidato presidencial del MAS en las elecciones presidenciales del 30 de junio. La multitud congregada en La Paz aclamó a Morales a los gritos de ¡kausachum coca! (¡viva la coca!) y ¡huaiñuchum yanquis! (¡abajo los yanquis!), y enarbolando la wipala, la bandera de dibujo ajedrezado y multicolor que es el emblema de las culturas andinas, y la enseña tricolor boliviana.